Der vierflügelige Kreuzgang südlich der Karmelitenkirche wurde im 15. und 16. Jahrhundert angebaut. Dort befinden sich zahlreiche Grabsteine. Bis 1469 fanden die Grafen und Herren von Abensberg im Kloster Rohr ihre letzte Ruhestätte, seither dient als solche der Kreuzgang. Besonders bedeutend ist die Tumba des Niklas von Abensberg, dem letzten Herren von Abensberg. Ein Fresko zeigt die früheste erhaltene Darstellung der Babonenstadt, es datiert um 1580. Unter dem Kreuzgang befindet sich die Klostergruft. Der Kreuzgang umrahmt einen romantischen Innenhof mit Brunnen.

Der Kreuzgang ist nur im Rahmen einer Stadtführung zugänglich.

Die Gestaltung der Fenster übernahm der Abensberger Künstler Johannes Rohen, die Regensburger Glasmalerei Schwarzmayr übernahm die Fertigung und den Einbau. Das Konzept der Motivflügel realisierte die Stadt Abensberg, herzlicher Dank gilt hierbei allen Sponsoren.